ג'ל אלקטרופורזה זוהי טכניקה שנועדה להפרדת חלבונים לפי גודלם. ניתן להפריד חלבונים נטיבים, אך נהוג יותר לבצע הפרדה של חלבונים דה-נטורטיבים ע"י שימוש ב-SDS ו-DTT. ההפרדה היא ע"פ משקל מולקולרי של החלבון בעזרת השוואת הדוגמא למרקר חלבונים שמשקלם ידוע מראש.
ההבדלים בין ג'ל Bis-Tris לג'ל Tris-Glycine: Tris-Glycine:Tris-glycine היא שיטה נפוצה להפרדת חלבונים באלקטרופורזה. בשיטה זו משתמשים בשני סוגי ג'לים - Stacking gel, שתפקידו למקם את החלבונים באותה נקודה להתחלת ריצה, ו- Resolving gel - בו החלבונים מופרדים על פי גודלם.ידוע שבג'לים מסוג Tris-Glycine הרזולוציה של הבנדים נמוכה. הסיבה לכך היא טווח ה-pH של הג'לים -8.6 עד 8.8. האופי הבסיסי הגבוה שלהם יוצר הידרוליזה של הפוליאקריל אמיד לחומצה פוליאקרילית, מה שלרוב פוגע בהפרדה. ה-pH האמיתי של הג'ל בזמן הריצה עלול להגיע ל-9.5, וכך אף הוא פוגע בהפרדה וגורם לעיוות, איבוד רזולוציה, בנדים שגויים ובעיות באנליזה ובאפליקציות שונות (כמו MS).בנוסף, בזמן הריצה ישנו סיכון שהיונים של Glycine וקבוצות אמין/תיול יגיבו עם אקריל-אמיד לא מפולמר. סיכון זה מוגבר כשהג'ל הוכן ידנית: הריכוז של אקרילאמיד לא מפולמר גבוה יותר בג'לים שהוכנו ידנית בהשוואה לג'לים מוכנים, כך שג'לים שהוכנו ידנית אינם הומוגניים.
Bis-Tris:ג'לים מבוססי Bis-Tris – הינם ג'לים בעלי pH ניטרלי, מסיבה זו הם עדיפים לעבודה עם חלבונים. בופר ההרצה יכול להיות MES (בריכוז 50mM יחד עם 50mM Tris) ב-pH של 7.2 או MOPS (עם Tris) ב-pH 7.7.בג'לים Bis-Tris השימוש הוא ב-Sample buffer ב-pH 8.5, כך שיש פחות הידרוליזה של הפוליאקרילאמיד לחומצה.ה-pH הניטרלי משפר את יציבות החלבונים בזמן הריצה, מה שיוצר בנדים חדים יותר, רזולוציה טובה יותר ודיוק.
ג'לים mPAGE של Merck:חברת Merck משיקה ג'לים מוכנים חדשים המתאימים להרצה בבופר MES/MOPS ונקראים mPAGE™ Bis-Tris Precast Gels. מערכת הג'לים mPAGE bis-tris מציעה ביצועים גבוהים, הפרדה אופטימלית של חלבונים ורזולוציה מצוינת בטווח רחב של גדלי חלבון שונים. המערכת שומרת על שלמות החלבון ואורך חיים ארוך יותר של הג'ל. הג'ל מעוצב בצורה המאפשרת הטענה של נפחים גדולים. הגודל של הג'ל הוא 8X10 cm המתאים לרוב המערכות.בג'לים מסוג mPAGE עובדים עם בופרים של MOPS או MES בלבד. בעזרתם ניתן לקבל תבנית הפרדה ברורה מאוד, המאפשרת כיול עבור הרצה של חלבונים קטנים או גדולים.
למוצרי mPage gels לחצו כאן
לקבלת User guide מקוצר בנושא לחץ כאן
לרשימת הג'לים המלאה לחץ כאן
לטבלה אינטראקטיבית לבחירת הג'ל המתאים לך לחץ כאן
Competitor T mPAGE™ Precast Gel 50-minute run time 35-minute run time
ג'לים mPAGE™ מציגים זמני ריצה קצרים יותר לעומת ג'לים אחרים (הפרש של 15 דקות).ג'לים mPAGE למרות ריצתם המהירה הרזולוציה לא נפגעת.
בשימוש בג'לים ™mPAGE ניתן להשתמש בטרנספר רטוב ובחצי יבש.
עתה נשאלות השאלות:איך לבחור את אחוז הג'ל המתאים?אחוז הג'ל נבחר בהתאם לגודל החלבון אותו רוצים להפריד.הג'לים זמינים במגוון רחב של אחוזים קבועים או בגרדיאנט, אשר בו אחוז הג'ל משתנה ממקטע למקטע לאורך הגל.ג'לים באחוזים נמוכים נועדו להפריד חלבונים בעלי משקל מולקולרי גבוה ואחוזים גבוהים יותר נועדו להפריד חלבונים בעלי משקל מולקולרי נמוך.בעזרת ג'ל גרדיאנט ניתן להפריד טווח חלבונים רחב יותר מג'ל עם אחוז קבוע, כלומר ניתן באותו הג'ל לבצע הפרדה של חלבונים קטנים וגדולים יחד.איך בוחרים בין בופר MES לבופר MOPS:מטרת הבחירה בין בופר MES לבין MOPS הינה לכוונון נוסף של ההפרדה – בופר MOPS משפר את ההפרדה של חלבונים גדולים ואילו בופר MES משפר את ההפרדה של חלבונים קטנים.בעזרת התמונות מטה ניתן לראות את טווחי הריצה של הבופרים השונים ולבחור בניהם בצורה מדויקת יותר.הריצה ב - MES מהירה יותר כיוון שה- pka שלו נמוך יותר ביחס ל-MOPS. בנוסף הם נבדלים במיגרציה של היונים המשפיעה על ה-Stacking וגורמת להבדלים בהפרדת החלבונים.
רוצים סיוע בבחירת הג'ל המתאים לחלבונים שלכם?פנו אלי ואשמח לסייע
עדי ג'רבי
מנהלת מכירות יחידת מוצרי מעבדה
054-2288744
[email protected]
מחברת המאמר, עדי ג’רבי הינה בוגרת תואר ראשון בביולוגיה B.Sc. ותואר שני M.Sc. בביוטכנולוגיה מאוניברסיטת בר אילן.• עדי עובדת בחברת מרקורי משנת 2014 בצוות מדעי החיים. ויש לה ניסיון בבביולוגיה מולקולרית ובתחומים הבאים: Cloning, PCR, RNA extraction, RT-PCR, Protein extraction purification and concentration, Western blot, FACS, Cell culture, migration and invasion methods , 3D Organotypic culturing, Filtration solutions, Antibodies consulting, IP and chIP methods, Cell counting.• עדי גרבי השתתפה בקורסים והשתלמויות בתחומים: כרומטוגרפיה, מיקרוסקופיה ומדעי החיים .